清政府在派海陆军赴朝的同时，电告清朝驻日公使汪凤藻令其据1885年(光绪十一年)的中日，知会日本外务省。汪凤藻据李鸿章的电令，于6月6日照会日本外务大臣陆奥宗光，说明清政府“保护属旧例……派直隶提督叶(志超)，选带劲旅，星驰往朝鲜全罗忠清一带，相机堵剿，……一俟事竣，仍即撤回，不再留防。”日本政府见中国兵朝鲜已圈，认为时机到来，决定乘机寻衅，与中国一战，以便实现其梦寐以求的侵略朝鲜和中国的野心。

早在清政府决定派兵赴朝前，日本就于6月1日，以所谓“陆军大演习”为名，将邮船公司的船急集合起来，准备运兵赴朝。6月2日，日本内阁正式通过以“保护”使馆和侨民为借，兵朝鲜的决定。并得到明治天皇的裁可。参谋总长提议先派约七千人的一个混战旅团迅速赴朝。6月5日，正式成立有参谋总长、参谋次长、陆军大臣、海军军令长等参加的战时最指挥大本营。当天，以保护驻日公使大鸟圭介回任为名，派先遣队赴朝。在清军抵达牙山的同一天，于仁川登陆。接着，将七千人的混成旅团派赴朝鲜。至16日全都在朝鲜登陆完毕。